SARAMIS™ – (Spectral ARchive And Microbial Identification System) - экспертная система на основе базы масспектрограмм интактных микроорганизмов производства SHIMADZU GROUP. Предназначена для типирования микроорганизмов на основании их масс-спектров.
Информация в базе данных (БД) SARAMIS организована в виде так называемых СуперСпектров (Superspectra™). Под этим термином подразумевается, что для каждого вида микроорганизмов сформирован характерный набор белков (биомаркеров), полученный на основе анализа не менее 20 масс-спектров этого вида. При этом образцы получены из различных источников (больниц, лабораторий, микробиологических коллекций). Каждый образец тщательно идентифицирован с помощью сиквенса 16s РНК или других сертифицированных методов анализа. Для родов и семейств охарактеризованных микроорганизмов сформированы наборы присущих только им биомаркеров. Структурированная таким образом база данных позволяет быстро и точно идентифицировать микробиологические штаммы, а при невозможности – примерно определять место микроорганизма в таксономической иерархии. По состоянию на начало 2009 года накоплены суперспектры более чем для 1600 видов и 230 родов. В БД SARAMIS™ входит также коллекция первичных масс-спектров микроорганизмов (FingerprintSpectra), состоящая из более чем 50.000 образцов.
Области применения:
Помимо диагностики инфекционных заболеваний человека и животных систему масс-спектрометрической идентификации микроорганизмов можно применять в следующих областях: